Le gouvernement a confirmé en septembre son intention de diminuer drastiquement la durée maximale d’indemnisation par la Sécurité sociale des arrêts de travail pour des affections de longue durée dites « non exonérantes » (1). Les principales pathologies concernées sont la « dépression légère » (33 % des cas) et les troubles musculosquelettiques (TMS) (32 % des cas), qui sont souvent en lien avec le travail.
Jusqu’alors, les salariés souffrant d’une telle affection de longue durée, une maladie dont la gravité et/ou le caractère chronique nécessite un traitement prolongé, pouvaient percevoir des indemnités journalières pendant trois ans. La mesure envisagée réduirait cette durée de couverture à une année seulement pour les salariés souffrant de dépression ou de TMS.
Maladies professionnelles sous-déclarées
Les TMS représentent de loin les premières maladies professionnelles reconnues. Cependant, comme le rappelait en octobre 2025 un rapport de la Cour des comptes, la sous-déclaration de ces pathologies professionnelles reste un « phénomène massif » en raison de la complexité des procédures, du manque d’information des victimes et de leurs médecins.
Un exemple : 70 % des personnes souffrant d’un syndrome du canal carpien suspectent que leur maladie est en lien avec leur travail, mais seule une personne sur dix fait une déclaration de maladie professionnelle.
Quant aux maladies psychiques imputables au travail, leur reconnaissance reste un parcours du combattant pour les victimes, en l’absence d’un tableau de maladie professionnelle. L’explosion des arrêts maladie observée depuis quelques années est en grande partie causée par l’augmentation des troubles psychiques dans la population en activité.
« Régression sociale majeure »
MG-France, premier syndicat de médecins généralistes, s’est élevé contre ce projet de décret. « Un patient privé d’indemnités journalières ne guérit pas pour autant. Il basculera vers l’invalidité, l’inaptitude, le licenciement, ou vers rien. Ce qui serait une régression sociale majeure. », dénonce MG-France dans un communiqué.
En 2024, 149 549 inaptitudes ont été prononcées par les médecins du travail, selon le dernier rapport sur l’activité des services de prévention et de santé au travail. Une augmentation de plus de 11 % par rapport aux chiffres de 2022.
L’association Fnath, qui défend les personnes accidentées de la vie, s’insurge de son côté contre « une mesure injuste, brutale et socialement dangereuse », soulignant que le gouvernement souhaite une application du décret dès le 1er octobre, y compris aux arrêts maladie déjà en cours. « Du jour au lendemain, des malades pourront se retrouver sans revenu », prévient l’association.
La Fnath rappelle que, parmi ces personnes qui seraient ainsi privées d’indemnités, figurent notamment des salariés atteints de « TMS liés à leur activité professionnelle ou de troubles psychiques, parfois liés aux conditions de travail ». « Le gouvernement aurait pu décider de s’attaquer résolument à la sous-déclaration des maladies professionnelles, observe l’association, il choisit exactement l’inverse : faire payer les malades et les plus fragiles. »
Des économies à tout prix
Ce projet de décret reprend un article rejeté lors des discussions du projet de loi de financement de la Sécurité sociale (PLFSS) pour 2026. L’article 29 du PLFSS prévoyait déjà une application des règles de droit commun aux personnes souffrant d’une ALD non exonérante, soit une indemnisation de l’arrêt pendant un an au maximum. Les malades en ALD ont en théorie droit à trois ans d’indemnisation, afin de leur laisser le temps de se soigner.
Dans son rapport « Charges et produits pour l’année 2026 », l’Assurance-maladie pointait le coût des arrêts longs pour ALD non exonérante : 3,17 milliards d’euros pour 401 000 arrêts au cours de l’année 2025. Le nombre d’arrêts concernés augmente chaque année de plus de 6 %.
Lors de l’examen du PLFSS 2026, in fine adopté mi-décembre à l’issue de tractations politiques, cette mesure avait été écartée par les parlementaires. Les quatre groupes de députés de gauche avaient notamment exigé la suppression de l’article 29, en soulignant que l’augmentation des arrêts liés à ces ALD reflète essentiellement la dégradation des conditions de travail.
Alors que l’examen du prochain PLFSS doit commencer dans quelques semaines, le gouvernement a préféré légiférer par décret plutôt que de prendre le risque d’un nouveau rejet.
(1) Une ALD non exonérante est une affection qui nécessite une interruption de travail ou des soins d’une durée prévisible supérieure à 6 mois, mais qui n’ouvre pas droit à la suppression du ticket modérateur.
